Biologiškai išvestos hibridinės kukurūzų veislės pasižymi tuo, kad, panaudodamos bakterijos Bacillus thuringiensis (Bt) (bakterija, naudojama kaip biologinis pesticidas) geną, pasigamina insekticidinį toksiną – tai modernus būdas įveikti europinius kukurūzų pasėlių kenkėjus, kaip antai: kukurūzinį drugį, kai kurias vikšrų rūšis ir kukurūzų šaknų kenkėjus - grambuolių lervas. Amaras, vakariniai lapagraužiai, švedinės muselės, vabalai, žiogai ir tripsai taip pat labai paplitę ir dažni kukurūzų kenkėjai, ypač šiltesnio klimato regionuose.
Kukurūzų ligų pasireiškimui bei paplitimui didelę įtaką daro klimatinės sąlygos, kurias sunku nuspėti. Ne visos ligos gali sukelti ekonominius nuostolius, o auginant grūdinius kukurūzus, svarbiausia yra išsaugoti žalius lapus ir stiebus - bet koks fotosintezės ploto praradimas gali sumažinti grūdų derlių.
Sunkiais augalų ligų atvejais, ypač pilkosios dėmėtligės, lapų rūdžių, cerkosporozės atveju, pasėliai gali išgulti, kadangi augalas visas maisto medžiagas iš stiebo nukreipia grūdų užsipildymui ir, atitinkamai, derliaus išsaugojimui. Vidutinio klimato regionuose ligos, kaip pavyzdžiui deguliai (Kabatiella zeae), pasireiškia vėlai ir gali sukelti stiprią defoliaciją, dėl kurios žymiai sumažėja pašarinių kukurūzų derlius.